| 1ª Classificatória | 2ª Classificatória | 3ª Classificatória | Play-off | Fase de Grupos | 2ª Fase |
| Quartas-de-final | Semifinal | Final |
Rodada:
Jogados
1ª Rodada
17/07/2012 - Terça
F91 Dudelange
1
x
0
Red Bull Salzburg
Flora
0
x
2
FC Basel
HJK Helsinki
7
x
0
KR Reykjavík
MŠK Žilina
1
x
0
Ironi Kiryat Shmona
Neftchi Baku
3
x
0
Zestafoni
Shamrock Rovers
0
x
0
Ekranas
Skënderbeu Korçë
1
x
0
Debreceni
Slovan Liberec
1
x
0
Shakhter Karagandy
The New Saints
0
x
0
Helsingborg
Ulisses
0
x
1
Sheriff
Valletta
1
x
4
Partizan Belgrade
18/07/2012 - Quarta
AEL Limassol
3
x
0
Linfield
BATE Borisov
3
x
2
Vardar
Budućnost Podgorica
0
x
2
Śląsk Wrocław
Ludogorets Razgrad
1
x
1
Dinamo Zagreb
Maribor
4
x
1
Željezničar Sarajevo
Molde
3
x
0
Ventspils
2ª Rodada
24/07/2012 - Terça
Debreceni
3
x
0
Skënderbeu Korçë
Ekranas
2
x
1
Shamrock Rovers
FC Basel
3
x
0
Flora
Ironi Kiryat Shmona
2
x
0
MŠK Žilina
KR Reykjavík
1
x
2
HJK Helsinki
Partizan Belgrade
3
x
1
Valletta
Red Bull Salzburg
4
x
3
F91 Dudelange
Shakhter Karagandy
1
Pro
1
Slovan Liberec
Sheriff
1
x
0
Ulisses
Ventspils
1
x
1
Molde
Željezničar Sarajevo
1
x
2
Maribor
Zestafoni
2
x
2
Neftchi Baku
25/07/2012 - Quarta
Dinamo Zagreb
3
x
2
Ludogorets Razgrad